肛肠疾病研究所在原部省共建重点实验室“中西医结合肛肠动力及电生理实验室”基础上于2009年6月由学院组织成立，成立时研究所的四个研究室：肛肠动力研究室、肛肠电生理研究室、肛肠药物制剂研究室、肛肠文献信息研究室。研究所有一个国家“十一五”重点专科作为临床支撑。近年研究所人员获得包括国家中医药管理局、教育部、四川省科技厅等部门的各级科研项目33项，获得纵向资助经费180余万元，项目建设经费700万元，研究成果获得省科技进步奖5项，市科技进步奖4项，现年论文发表量30篇。
一、硬件设施简介
   该研究所拥有：全自动多维活细胞成像系统，无线超声影像肛肠动力分析仪，盆底电生理（肌电诱发电位仪器），生物反馈电刺激仪，电子肠镜，微波电脑痔疮治疗仪，微电脑高频手术治疗器，多源频普肛肠治疗仪，结肠灌注水疗仪，超低温冰箱，制药多功能提取罐，灭菌柜，紫外分光光度计，超微粉碎机等国内外最先进仪器和设备，其价值600万元人民币。基础科研方面，建有肛肠动力研究室、肛肠电生理研究室、肛肠药物制剂研究室、肛肠文献信息研究室，实验室面积达600平方米；临床科研方面，建有一个国家“十一五”中医重点肛肠专科和省中医重点肛肠专科，生物反馈治疗室，结肠水疗室，电子结肠镜检查治疗室等, 开放病床60张，病房面积约800平方米。良好的科研平台与临床紧密结合必将为广大患者提供高质量的医疗服务。
二、人员简介
   目前研究所有专兼职人员13人，其中教授2人，副教授4人，讲师4人，实验师3人。博士4人，硕士6人。其中获得四川省青年基金1人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”1人，四川省中医药学术技术带头人1人，四川省学术技术带头人后备人选1人，四川省名中医2人，川北医学院首届和第一届学术技术带头人1人。四川省中医药高级职务评审专家1人，国家药品食品监督管理局新药评审专家1人。研究所有中华中医药学会肛肠专业委员会全国常务理事2人，理事3人，中国中西医结合学会大肠肛门病专业委员会全国委员2人，四川省中医药学会理事1人，四川省中医肛肠学会副主任委员1人，常务理事1人，理事3人。
三、科研工作及成果
   近年来，获国家、省部级科研（项目）30余项，获得纵向资助经费近1000万元。参编学术专著3部，在《中华胃肠外科杂志》、《中华中医药学刊》等杂志上发表论文100余篇，科研成果先后获得四川省科技进步奖5项，南充市科技进步奖4项，先后开展新技术、新项目10余项。先后举办国家、省级继续教育项目3届，先后为等地培养中西肛肠中高级人才600余人，促进了肛肠疾病新技术的普及和发展。
   目前研究所主要从事肛肠动力性疾病、炎症性肠病和盆底良性功能性疾病的发生、诊断和中西医结合治疗的研究，力争达到国际先进水平，为西南、西北、重庆、四川地区肛肠的防治作出更大的贡献。